Вы выполняете тяжелое действие php скриптом, а Telegram начинает слать вам повторно события на webhook, думая что вы его не получили.
Вы видите ошибку по getWebhookInfo — last_error_message «Read timeout expired»
Можно быстро отправить код 200
<?php
ob_start();
http_response_code(200);
header("Connection: close\r\n");
header("Content-Encoding: none\r\n");
$size = ob_get_length();
header("Content-Length: ". $size . "\r\n");
ob_end_flush();
flush();
// тут долгая задача в фоне